103系では大和路線内において森ノ宮電車区所属車と、奈良電車区所属車で編成の向きが逆になっている。森ノ宮電車区所属車は加茂方からTcM'MTTM'MTcで、奈良電車区所属車はTcMM'MM'Tcであるが、優先座席や号車表示が逆にならないようになっている。
また、おおさか東線経由で運転される223系6000番台も大和路線内で編成の向きが逆となっている。223系6000番台はJR宝塚線の運用を主体としており、大和路線内では他の列車と号車番号・優先座席・トイレの位置が逆になっている。なお、207系は木津経由で運転されるため、優先座席が逆になることはない。
大和路線に使用される103系・201系はほかのJR西日本の路線のそれらと違い前面に帯状の白線が塗ってあるが、これは踏切事故防止の目的で塗られている警戒色である。湊町駅（現在のJR難波駅） - 奈良駅間の電化開業時には黄色（黄5号）に塗られていた（帯なしの時もあった）。これは、直線区間が多く普通列車でもスピードを出すためや、直線のため見通しが良く、かえって油断して遮断機が降りても無理に横断する人や自動車に対して警戒を促すためのものである。
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奈良 - 王寺間では沿線に住宅が少なく、水田・田園地帯を進むが、法隆寺駅 - 王寺駅間では大和川やその支流で奈良県特有の濃霧（特に春先から夏頃まで）が発生するため、視認性を上げるために警戒色が必要とされる。