『日本書紀』にある説より。ヤマタノオロチ（八俣遠呂智）の頭上にはいつも雲がかかっていたので「天叢雲剣」と名付けられた。実際、山陰地方は曇り日が多く、出雲安来へ行った人間はよく「弁当を忘れても、傘を忘れるな。」と言われた話を、今も聞く。安来地方の山奥、奥出雲町にある船通山（鳥髪峯）山頂には天叢雲剣出顕之地の碑があり、毎年7月28日に船通山記念碑祭・宣揚祭が開催される。神剣を気軽にヤマトタケルに預けてしまう点、神剣で草を薙ぐなどあり得るかという疑問などから、「天叢雲剣」「草薙剣」の二剣が歴史的には別の剣ではないかという議論が起こった元にもなっているが、古事記などもあわせて考えると、本説がもっとも主流の説となっている。 「天叢雲剣」や「叢雲」の名は『日本書紀』において本文の注として記されるのみであり、『古事記』には一切その名は見られない。従って、この剣の本来の名は「草薙剣」であるとも考えられる。また、「天叢雲剣」の名の由来である、「大蛇の上に雲気有り」という表現に関して『史記』『漢書』からの引用だと考えられており、漢の高祖の持つ斬蛇剣などとの関係性が説かれることも多い。
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草薙の剣
ヤマトタケル（日本武尊）が伊勢神宮でこれを拝受し、東征の途上の駿河で、この神剣によって野火の難を払い、草薙剣の別名を与えた。この説は広く知られている。
「蛇の剣」
クサは臭、ナギは蛇の意（ウナギ#名前などを参照）で、原義は「蛇の剣」であるという説。神話の記述でも、この剣は蛇の姿をしたヤマタノオロチ（八岐大蛇、八俣遠呂智）の尾から出て来ており、本来の伝承では蛇の剣であったとも考えられる。つまり悪しき蛇から出でし剣「邪蛇の剣」といったニュアンスの意味が本来の「クサナギの剣」の意味とする[要出典]。 高崎正秀は『神剣考』「草薙剣考」において、クサ=串=奇、で霊威ある意とし、ナギ=ナダ=蛇であるとして、この剣の名義を霊妙なる蛇の剣であると説いている。また、その名はヤマタノヲロチに生贄にされかけたクシナダヒメに通じるものであり、本来クシナダヒメはヤマタノヲロチに対する祭祀者でありながら同時に出雲を支配する女酋的存在ではなかったかとする。